Lisansüstü Bilimsel veya Sanatsal Hazırlık sırasında alınan ikinci kategori (lisansüstü programa sayılacak) derslerin ders kayıtları sırasında (en geç ders ekleme-bırakma süresinin bitimine kadar) EYK tarafından karara bağlanması gerekmektedir. (Bilimsel hazırlık veya sanatsal hazırlık sırasında alınıp ilgili lisansüstü programa sayılan derslerin toplam kredisi, söz konusu lisansüstü programı müfredatının toplam kredisinin dörtte birini geçemez.)
Lisansüstü programa başlamadan önce başka bir kurumda alınmış veya Bilkent Üniversitesi'nde özel öğrenci olarak alınmış derslerin lisansüstü programa sayılabilmesi için öğrencinin en geç programdaki birinci yarıyılı içinde başvurması gereklidir.
Öğrenciler kayıtlı oldukları programın müfredatına ek olarak fazladan dersler de alabilir. Bu derslerin notları da genel not ortalamasına katılır ancak bu dersler program müfredatında yer alan ders yükümlülüklerine sayılmaz.
Öğrenci başarısız olduğu zorunlu dersleri tekrarlamak zorundadır. Seçmeli bir derste başarısız olunması durumunda ise öğrenci aynı dersi tekrar alabilir ve bu durumda genel not ortalamasına sadece son alınan not katılır, veya öğrenci başarısız olduğu seçmeli dersi müfredat dışı alınan fazladan ders olarak saydırmayı seçebilir.
Dileyen lisansüstü öğrenciler akademik danışmanlarının onayıyla aynı program içerisinde daha önce alıp başarılı oldukları dersleri tekrarlayabilir; bu durumda genel not ortalamasına sadece son alınan not katılır.
Kayıtlı oldukları lisansüstü programı izin alınan süreler dahil olmak üzere azami süresi içinde tamamlayamayan öğrenciler "Lisansüstü Uzatmalı Öğrenci" statüsüne alınır. Uzatmalı öğrenciler diledikleri yarıyıllarda ders başına ücret ödeyerek ders kaydı yaptırabilir. Tezli programlarda tez çalışması yapmak veya tez savunmasına girmek için ilgili yarıyılda tez dersine kayıt yaptırılmış olması şarttır. Uzatmalı öğrencilerin ders almadıkları veya tez çalışması/savunması yapmadıkları yarıyıllarda üniversiteye kayıt yaptırmaları veya izin başvurusunda bulunmaları gerekli değildir.
Lisans programı sırasında Bilkent Üniversitesi'nde alınmış olan dersler de yüksek lisans programı sırasında müfredata ek fazladan ders olarak tekrar alınabilir. Bu dersler yüksek lisans ders yükümlülüklerine sayılmaz ancak yüksek lisans genel not ortalamasına dahil edilir. Tamamlanmış bir yüksek lisans veya lisans programı sırasında Bilkent Üniversitesi'nde alınmış olan dersler de doktora programı sırasında müfredata ek fazladan ders olarak tekrar alınabilir. Bu dersler doktora ders yükümlülüklerine sayılmaz ancak doktora genel not ortalamasına dahil edilir.
Yüksek lisans müfredatında yer alan zorunlu bir ders tamamlanmış bir lisans programı sırasında Bilkent Üniversitesi'nde alınmış ise bu dersin notuna bakılır. En az C notu ile başarılmış dersler yüksek lisans müfredatına ek fazladan ders olarak alınabilir; bu dersler yüksek lisans ders yükümlülüklerine sayılmaz ancak yüksek lisans genel not ortalamasına dahil edilir. En az C notu alınmamış derslerin yüksek lisans zorunlu dersi olarak tekrar alınması gereklidir; ancak bu şekilde tekrarlanan her ders için EYK kararıyla öğrencinin müfredatına bir adet seçmeli veya zorunlu ders eklenir.
Doktora müfredatında yer alan zorunlu bir ders tamamlanmış bir yüksek lisans veya lisans programı sırasında Bilkent Üniversitesi'nde alınmış ise bu dersin notuna bakılır. En az B notu ile başarılmış dersler doktora müfredatına ek fazladan ders olarak alınabilir; bu dersler doktora ders yükümlülüklerine sayılmaz ancak doktora genel not ortalamasına dahil edilir. En az B notu alınmamış derslerin doktorada zorunlu ders olarak tekrar alınması gereklidir. Her iki durumda da, daha önceki bir programda alınmış olan zorunlu doktora dersi yerine EYK kararıyla öğrencinin müfredatına bir adet seçmeli veya zorunlu ders eklenir.
Aynı anabilim dalında Bilkent Üniversitesi'nden aldıkları yüksek lisans derecesi ile doktora programına kabul edilmiş öğrenciler, yüksek lisans programı sırasında yüksek lisans müfredatlarına ek olarak almış ve en az B notu ile başarmış oldukları derslerin, doktora programlarındaki ders yükümlülüklerine sayılması için EYK'ye başvurabilirler. EYK'nin olumlu karar vermesi durumunda, bu dersler doktora ders yükümlülüklerine sayılır ancak doktora genel not ortalamasına dahil edilmez.
